Seine Liebe zur Rockmusik entwickelte er im zarten Alter von 3 Jahren. Mit 11 Jahren besuchte er gemeinsam mit seinem Vater ein Konzert von KISS – danach war um Jon Schaffer geschehen und er wusste, was er in seinem Leben machen möchte.
1984 gründet Schaffer, der gerade frisch nach Florida gezogen war, die Band The Rose, die später zu Purgatory und schließlich zu Iced Earth wurde. Ende der 1990er beschließt Schaffer gemeinsame Sache mit Hansi Kürsch, dem Frontmann der erfolgreichen deutschen Power-Metal-Band Blind Guardian, zu machen. Die beiden gründen das Projekt Demons & Wizards, bei dem sie die einzigen konstanten Mitglieder sind. Im nächsten Jahr werden Demons & Wizards 19 Jahre nach ihrem letzten Live-Auftritt einige ausgewählte Clubshows spielen (RADIO BOB! präsentiert Demons & Wizards in der Batschkapp Frankfurt).
Bei BOBs Backstagetalk (Samstag, 14-15 Uhr) erzählt Jon Schaffer vom besten Konzert, das er je erlebt hat und verrät, was auf seiner Löffelliste steht.